Фонд «Центр стратегических разработок» был создан в декабре 1999 г., когда российская экономика встала на путь посткризисного восстановления. Именно в это время в руководстве страны и экспертном сообществе возникло понимание необходимости определения стратегии будущего развития России, выделения приоритетов социально-экономической политики, выработки конкретных мер их реализации. Это понимание привело к идее создания центра, способного на своей площадке собрать лучших представителей российского экспертного и научного сообщества и в тесном диалоге с властью выработать в возможно более короткие сроки подходы к долгосрочной социально-экономической политике.

Учредителями Фонда «Центр стратегических разработок» стали научные и экспертные организации: Высшая школа экономики, Институт народно-хозяйственного прогнозирования Российской академии наук, Институт законодательства и сравнительного правоведения при Правительстве России, Рабочий центр экономических реформ при Правительстве России, Институт экономического анализа.

Уже с декабря 1999 г. Центр стратегических разработок начал активную деятельность под руководством председателя Совета Фонда Германа Грефа (тогда Первого заместителя Министра государственного имущества) и президента Фонда - Дмитрия Мезенцева. Председателем Попечительского Совета Фонда стал Дмитрий Козак - в то время руководитель Аппарата Правительства.

Вплоть до мая 2000 г. в ЦСР в ежедневном режиме проводились экспертные совещания по всем вопросам развития экономики, социальной сферы, государственного управления и т. д. В этих совещаниях приняли участие более 500 ведущих российских экспертов, ученых, представителей органов государственной власти.

К концу мая была написана и представлена в Правительство Стратегия социально-экономического развития Российской Федерации на период до 2010 года. В документе были сформулированы меры по реформированию не только экономической и социальной политики, но и государственной власти. На основе Стратегии летом 2000 года были разработаны и одобрены на заседании Правительства Основные направления социально-экономической политики Правительства Российской Федерации на долгосрочную перспективу (до 2010 года), ставшие идеологической основой всех последующих концептуальных документов Правительства - планов действий и среднесрочных программ.

После окончания работы над Стратегией ведущие эксперты ЦСР перешли в Правительство для работы по ее практической реализации. Высокие посты в Правительстве заняли Олег Вьюгин, Аркадий Дворкович, Михаил Дмитриев, Эльвира Набиуллина, Алексей Улюкаев. Председатель Совета Фонда Герман Греф был назначен Министром экономического развития и торговли Российской Федерации, президент Фонда Дмитрий Мезенцев - избран в Совет Федерации.

В этот период Центр стал одной из основных площадок для обсуждения с экспертным и научным сообществом правительственных инициатив, включая среднесрочные программы Правительства.

С 2003 года на базе ЦСР была начата разработка реформ по «национальным проектам» - модернизации образования и здравоохранения, созданию рынка доступного жилья, обеспечения жильем военнослужащих и создание условий для ускорения социально-экономического развития Калининградской области. Эти реформы были отобраны в качестве важнейших направлений преобразований рабочей группой под руководством помощника Президента Российской Федерации Игоря Шувалова. Параллельно с «национальными проектами» Центр начал формировать собственную исследовательскую программу.

Всего за время своего существования ЦСР реализовал около 130 проектов, заказчиками которых являлись Администрация Президента РФ, Аппарат Правительства РФ, федеральные министерства, органы власти субъектов федерации, органы местного самоуправления по всей территории страны, крупные российские компании.

В ноябре 2009 г. Совет Фонда принял решение о развитии стратегического партнерства ЦСР и Академии народного хозяйства при правительстве Российской Федерации. Цель стратегического партнерства состоит в объединении возможностей обеих организаций в разработке и продвижении мер государственной политики, направленных на повышение конкурентоспособности российской экономики в глобальном мире. Партнерство предполагает проведение исследований объединенными силами обеих организаций, совместное участие в разработке экономической политики, организацию широкого общественного диалога по этим вопросам, участие в преподавательской деятельности, публикацию и презентацию результатов совместных разработок под общим брендом АНХ-ЦСР.